創薬プロセスや創薬手法の改良を通じてリード化合物が特定され、新たな医薬品を世に送り出すプロセスを医薬品の設計開発といいます。合理的な創薬では、ハイスループットスクリーニングに比べて開発する化合物が少なくなります。ただし、これらの化合物はターゲットに対して非常に特異的であり、この特異性を達成するためにコンピューターベースのモデリングを使用します。